11. augustil 1993 andis kultuuri- ja haridusminister Paul-Eerik Rummo välja käskkirja riikliku organisatsiooni EENet asutamise kohta ja kinnitas esimese põhikirja.
Riigiasutus Eesti Hariduse ja Teaduse Andmesidevõrk (registrikood 70005654) lõpetati 15.04.2013 ja EENetist sai alates 12.04.2013 Hariduse Infotehnoloogia Sihtasutuse (HITSA; varasem nimetus Eesti Infotehnoloogia Sihtasutus; registrikood 90005872) struktuuriüksus.
01.08.2020 alustas tööd uus riigiasutus Haridus- ja Noorteamet (lühinimi: Harno; registrikood 77001292), kuhu läksid üle kõik HITSA tegevused.
01.10.2021 läksid Harno tehnoloogia juhtimise osakonna tegevused tervikuna üle Haridus- ja Teadusministeeriumi (registrikood 70000740) tehnoloogia juhtimise osakonda.
Riigi hariduse ja teaduse andmesidevõrgu EENet haldamine jätkub Haridus- ja Teadusministeeriumi tehnoloogia juhtimise osakonna koosseisus.
