11. augustil 1993 andis Kultuuri- ja haridusminister välja käskkirja nr 180 riikliku mittetulundusliku organisatsiooni EENet asutamise kohta ja kinnitas EENeti põhikirja.
Juhatuse esimesse koosseisu kuulusid Veiko Jürisson (Kultuuri- ja Haridusministeeriumi kantsler), Tiit Laasberg (Kultuuri- ja Haridusministeeriumi teaduse ja kõrghariduse osakonna juhataja), Enok Sein (EENeti direktor), Jaak Aaviksoo (Tartu Ülikooli prorektor), Rein Küttner (Tallinna Tehnikaülikooli prorektor), Jaak Lippmaa (TA KBFI esindaja), Ants Wõrk (TA Küberneetika Instituudi asedirektor), Richard Villems (Eesti Biokeskuse direktor), Peeter Saari (Eesti Teadusfond), Ustus Agur (Eesti Informaatikafond) ja Heikki Kübbar (Eesti Telefon).
