1. juunil 1993 moodustati EENeti nõukogu*, kes pidas vajalikuks luua riigiasutus EENet, sest paari aasta eest loodud Eesti teaduse ja hariduse arvutivõrk ESTNET** polnud talle pandud lootusi täitnud. 1993. aasta kevadel oli just käivitatud Eesti esimene WWW server Tartu Ülikooli Raamatukogus. Aasta varem, 1992. aasta kevadel käivitati esimene TCP/IP ühendus Eesti ja muu maailma vahel. TCP/IP protokollil põhinev võrk oli 1992. aastal kasutusel Tartu Ülikoolis, Tallinna Küberneetika Instituudis, Eesti Biokeskuses ja Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudis (KBFI). Märtsis-aprillis 1992 pandi Eesti ja Rootsi vahel Tallinnast (KBFIst) ja Tartust (Eesti Biokeskusest) tööle 64 kbps satelliidiühendused.
Eestist sai ametlik Interneti liige 22 aastat tagasi, 3. juunil 1992, kui KBFI registreeris Eesti tippdomeeni .ee. EENet oli .ee registri pidajaks ja .ee domeenide registreerijaks 17 aastat (1993-2010). 2010. aasta suvel andis EENet .ee domeenide registri üle Eesti Interneti Sihtasutusele ning jätkas haridus-, teadus- ja kultuuriasutuste registripidajana.
20 aastat tagasi käivitas EENet Eesti koolide serveri (www.edu.ee), mis oli 1994. aasta aprillis seitsmes veebiserver Eestis. Sama aasta lõpus loodi Tallinnas erinevate võrkude neutraalne ühenduspunkt TIX-LAN. Esimene püsiühendatud kool oli Tallinna 43. Keskkool, kes hakkas kasutama TCP/IP sidet ja kelle sissehelistamiskeskusse said UUCP seansse luua ka teised koolid.
Lisaks traditsioonilistele internetiteenustele (e-post, postiloendid, veebiserver jm) on EENet 21 aasta jooksul pakkunud teadus-, haridus- ja kultuurivaldkonnale spetsiifilisi internetiteenuseid. Eelkõige on akadeemilise võrgu kasutajatele oluline ülikiire ja turvaline võrk, aga ka teadusarvutusressursid ja muud eriteenused ja -lahendused, mida kommertsoperaatorid ei paku. 2012. aastal käivitas EENet Eesti haridus- ja teadusasutustevahelise autentimise ja autoriseerimise taristu TAAT ning uue sertifikaatide teenuse. Täna on EENeti optikavõrgu kiirus 10 Gbps. Eesti akadeemiline andmesidevõrk on ühendatud Soome teadusvõrguga Funet ning üleeuroopalise teadusvõrguga GÉANT. GÉANTi võrku kasutab 50 miljonit kasutajat 10 000 Euroopa institutsioonist ning 100 riiklikku võrku üle maailma. Selle suurim kiirus ulatub 500 Gbps-ni. 14 aastat (alates 2000. a) on EENet GÉANTi liikmena ühendanud Eesti akadeemilist kogukonda väliskolleegidega.
Ligikaudseid arve EENeti püsiühendatud asutuste ja arvutite kohta 1994. ja 2014. aasta võrdluses
| 1994 | 2014 | |
| Haridus-, teadus- ja kultuuriasutusi | 15 | 230 |
| Arvuteid | 340 | 50000 |
* EENeti nõukogu koosseisu kuulusid 01.06.1993: Veiko Jürisson (Kultuuri- ja haridusministeeriumi kantsler), Tiit Laasberg (Kultuuri- ja haridusministeeriumi teaduse ja kõrghariduse osakonna juhataja), Jaak Aaviksoo (Tartu Ülikooli prorektor), Rein Küttner (Tallinna Tehnikaülikooli prorektor), Jaak Lippmaa (Teaduste Akadeemia (TA) Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi (KBFI) nooremteadur), Jaak Penjam (TA Küberneetika Instituudi osakonnajuhataja), Peeter Saari (Eesti Teadusfondi Nõukogu esimees), Richard Villems (Tartu Ülikooli Biokeskuse direktor).
** Teadusnõukogu poolt moodustatud ESTNETti ei kujundatud ametlikuks institutsiooniks.
